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Schulung PyMOL: Grundlagen zur Erstellung von Molekülvisualisierungen

Effiziente molekulare Visualisierung und Analyse

3 Tage / S4422
Neues Seminar

Schulungsformen

Inhouse-/Firmenschulung

  • 3 Tage - anpassbar
  • Termin nach Wunsch
  • Preis nach Angebot
  • In Ihrem Hause oder bei der GFU

Individualschulung

  • 3 Tage - anpassbar
  • Termin nach Wunsch
  • Preis nach Angebot
  • In Ihrem Hause oder bei der GFU

Beschreibung

PyMOL ist ein vielseitiges und leistungsstarkes Werkzeug für die Visualisierung molekularer Strukturen, das in der Wissenschaft und Bildung weit verbreitet ist. Mit seinen umfangreichen Anpassungs- und Erweiterungsmöglichkeiten, hochwertigen Visualisierungen und Unterstützung für verschiedene molekulare Formate bietet es erhebliche Vorteile für die Analyse und Präsentation komplexer molekularer Daten.
In diesem Seminar lernen die Teilnehmenden die grundlegenden und fortgeschrittenen Techniken zur Nutzung von PyMOL für die molekulare Visualisierung kennen. Der Fokus liegt auf der Erstellung, Optimierung und Analyse von Molekülvisualisierungen sowie der Integration moderner Technologien, einschließlich Scripting und Automatisierung. Die Teilnehmer werden sich mit den grundlegenden und erweiterten Tools von PyMOL vertraut machen und durch praxisorientierte Übungen die erlernten Konzepte anwenden.

Schulungsziel

Am Ende des Seminars sind die Teilnehmenden in der Lage, PyMOL effektiv zu nutzen, um Molekülstrukturen zu visualisieren, zu optimieren und zu analysieren. Sie lernen, wie sie die Effizienz und Qualität ihrer Visualisierungen verbessern können.

Details

Wer teilnehmen sollte

Dieses Seminar richtet sich an Bioinformatiker, Strukturbiologen, Biochemiker und technische Fachkräfte, die ihre Kenntnisse mittels Einsatz von PyMOL für die molekulare Visualisierung vertiefen und optimieren möchten. Grundlegende Kenntnisse in Bioinformatik und molekularer Biologie sind erforderlich.

Ihre Schulung


Präsenz-Schulung

Online-Schulung
Lernmethode

Ausgewogene Mischung aus Theorie und Praxis

Wie auch bei unseren Präsenz-Seminaren: Ausgewogene Mischung aus Theorie und praktischen Übungen. Trainer durchgehend präsent.

Unterlagen

Seminarunterlagen oder Fachbuch inklusive. Das Fachbuch wählt der Trainer passend zum Seminar aus - Ihren individuellen Buch-Wunsch berücksichtigen wir auf Nachfrage gerne.

Seminarunterlagen oder Fachbuch inklusive (per Post). Das Fachbuch wählt der Trainer passend zum Seminar aus - Ihren individuellen Buch-Wunsch berücksichtigen wir auf Nachfrage gerne.

Arbeitsplatz
  • PC/VMs für alle Teilnehmenden
  • Hochwertige und performante Hardware
  • Große, höhenverstellbare Bildschirme
  • Zugang zu Ihrem Firmennetz erlaubt
  • 86-90 Zoll Bildschirm für perfekte Präsentationen in jedem Schulungsraum
  • Online Meeting + Remote Zugriff auf persönlichen GFU-Schulungs-PC
  • Keine Installation auf dem eigenem PC notwendig
Lernumgebung

Neu aufgesetzte Remote-Systeme für jeden Kurs in Abstimmung mit dem Seminarleiter, sodass Sie über ein perfektes Setup für die Durchführung aller praktischen Übungen verfügen.

Arbeitsmaterialien

Din A4 Block, Notizblock, Kugelschreiber, USB-Stick, Textmarker, Post-its

Teilnahmezertifikat

Die Teilnahmezertifikat inkl. Inhaltsverzeichnis wird Ihnen am Ende des Seminars ausgehändigt.

Die Teilnahmezertifikat inkl. Inhaltsverzeichnis wird Ihnen per Post zugesandt.


Präsenz-Schulung

Online-Schulung
Teilnehmendenzahl

min. 1, max. 8 Personen

Garantierte Durchführung *

Ab 1 Teilnehmenden

Schulungszeiten
3 Tage, 09:00 - 16:00 Uhr
Ort der Schulung
GFU Schulungszentrum oder Virtual Classroom
GFU Schulungszentrum
Am Grauen Stein 27
51105 Köln-Deutz

oder online im Virtual Classroom oder europaweit bei Ihnen als Inhouse-Schulung

Um ein optimales Raumklima zu gewährleisten, haben wir das Schulungszentrum mit 17 hochmodernen Trotec TAC V+ Luftreinigern ausgestattet. Diese innovative Filtertechnologie (H14 zertifiziert nach DIN EN1822) sorgt dafür, dass die Raumluft mehrfach pro Stunde umgewälzt wird und Schadstoffe zu 99.995% im HEPA-Filter abgeschieden und infektiöse Aerosole abgetötet werden.

Zusätzlich sind alle Räume mit CO2-Ampeln ausgestattet, um jederzeit eine hervorragende Luftqualität sicherzustellen.

Räumlichkeiten

Helle und modern ausgestattete Räume mit perfekter Infrastruktur

Bequem aus dem Homeoffice von überall

All-Inclusive

Frühstück, Snacks und Getränke ganztägig, Mittagessen im eigenen Restaurant, täglich 6 Menüs, auch vegetarisch

Eine Auswahl unserer Frühstücks-Snacks und Nervennahrungs-Highlights senden wir Ihnen mit den Seminarunterlagen per Post zu.
Barrierefreiheit

Das GFU-Schulungszentrum (Am Grauen Stein 27) ist barrierefrei

-

Präsenz-Schulung

Online-Schulung
  • Eigener Shuttle-Service
  • Reservierte Parkplätze
  • Hotelreservierung
  • Technik-Sofort-Support

Inhalt

  • Einführung in PyMOL: Überblick und Bedeutung
    • Was ist PyMOL und warum ist es wichtig?
      • Definition und Hintergrund: PyMOL als leistungsstarkes Werkzeug für die molekulare Visualisierung.
      • Bedeutung und Vorteile: Verbesserte Analyse und Präsentation von Molekülstrukturen, Unterstützung der Forschung.
      • Vergleich mit ähnlichen Tools: Unterschiede und Vorteile gegenüber VMD, Chimera und RasMol.
  • Grundlagen der PyMOL-Installation und -Einrichtung
    • Installation und Konfiguration
      • Systemanforderungen und unterstützte Plattformen: Hardware- und Softwarevoraussetzungen.
      • Installation von PyMOL: Schritt-für-Schritt-Anleitung.
      • Erste Konfiguration: Einrichtung der Benutzeroberfläche, grundlegende Einstellungen.
  • Grundlegende Bedienung und Funktionen
    • Basis-Funktionen und Benutzeroberfläche
      • Einführung in die Benutzeroberfläche: Navigationsmenü, Arbeitsbereich, Werkzeuge.
      • Laden und Anzeigen von Molekülstrukturen: Importieren von PDB-Dateien, einfache Visualisierungen.
      • Navigation und Manipulation: Drehen, Zoomen, Verschieben von Molekülen.
  • Erste Schritte mit PyMOL
    • Einfache Molekülvisualisierungen
      • Erstellung von 3D-Visualisierungen: Farbgebung, Darstellung von Atomen und Bindungen.
      • Verwendung von Presets und Skripten: Automatisierte Visualisierungen, einfache Skripterstellung.
      • Export von Bildern und Videos: Speichern von Visualisierungen in verschiedenen Formaten.
  • Praxisübung 1: Installation und Grundkonfiguration von PyMOL
    • Ziel der Übung: Anwendung der erlernten Techniken zur Installation und Grundkonfiguration von PyMOL.
      • Projektbeschreibung: Teilnehmer installieren PyMOL und erstellen eine einfache Visualisierung einer Proteinstruktur.
      • Anforderungen: Nutzung der grundlegenden Funktionen und Vorlagen von PyMOL.
    • Schritt-für-Schritt-Anleitung:
      • Vorbereitung: Einführung in die Projektanforderungen, Einrichtung der Umgebung.
      • Durchführung: Installation von PyMOL, Import und Visualisierung einer Proteinstruktur.
      • Präsentation: Vorstellung der Ergebnisse durch die Teilnehmer.
    • Tools: PyMOL, Texteditor oder integrierte Entwicklungsumgebung (IDE).
    • Ergebnisse und Präsentation:
      • Präsentation der installierten und konfigurierten PyMOL-Umgebung und der ersten Visualisierung.
      • Diskussion und Feedback: Analyse der Ergebnisse und Verbesserungsvorschläge.
  • Erweiterte Visualisierungstechniken
    • Erweiterte Darstellungsoptionen
      • Erstellung komplexer Visualisierungen: Oberflächenmodelle, Elektronendichtekarten, Animationen.
      • Nutzung von Farb- und Darstellungsoptionen: Anpassung von Farben, Transparenzen, Darstellung von Sekundärstrukturen.
      • Labeling und Annotation: Hinzufügen von Beschriftungen, Kommentaren und Markierungen.
  • Integration und Datenmanagement
    • Integration mit anderen bioinformatischen Tools
      • Anbindung an Datenbanken: Nutzung von PDB, UniProt und anderen Ressourcen.
      • Datenmanagement und -synchronisierung: Verwaltung von Datenflüssen und -integrität.
      • Datenschutz und Compliance: Einhaltung von Datenschutzbestimmungen und Sicherheitsstandards.
  • Scripting und Automatisierung
    • Erstellung und Nutzung von Skripten
      • Einführung in die PyMOL-Skriptsprache: Grundlagen und Syntax.
      • Automatisierung von Visualisierungsprozessen: Erstellung und Ausführung von Skripten.
      • Erweiterte Scripting-Techniken: Schleifen, Bedingungen, benutzerdefinierte Funktionen.
  • Analyse und Optimierung von Visualisierungen
    • Überwachung und Fehlersuche
      • Überwachung und Analyse der Visualisierungsqualität: Nutzung von Dashboards und Berichten.
      • Protokollierung und Fehlersuche: Methoden zur Fehleranalyse und -behebung.
      • Optimierung von Visualisierungen: Durchführung von Tests, Analyse der Ergebnisse, kontinuierliche Verbesserung.
  • Praxisübung 2: Erstellung und Optimierung einer komplexen molekularen Visualisierung
    • Ziel der Übung: Anwendung der erlernten Techniken zur Erstellung und Optimierung einer komplexen molekularen Visualisierung.
      • Projektbeschreibung: Teilnehmer erstellen eine komplexe Visualisierung einer großen Biomolekülstruktur und optimieren sie mit Skripten.
      • Anforderungen: Nutzung der erweiterten Funktionen und Skripting-Tools von PyMOL.
    • Schritt-für-Schritt-Anleitung:
      • Vorbereitung: Einführung in die Projektanforderungen, Einrichtung der Umgebung.
      • Durchführung: Erstellung der Visualisierung, Integration von Skripten, Analyse der Ergebnisse.
      • Präsentation: Vorstellung der Ergebnisse durch die Teilnehmer.
    • Tools: PyMOL, Texteditor oder IDE, Skripting-Tools.
    • Ergebnisse und Präsentation:
      • Präsentation der erstellten Visualisierung und der durchgeführten Optimierungen.
      • Diskussion und Feedback: Analyse der Ergebnisse und Verbesserungsvorschläge.

Buchungsmöglichkeiten

Online oder in Präsenz teilnehmen

Sie können sowohl Online als auch in Präsenz am Seminar teilnehmen. Klicken Sie bei Ihrer Buchung oder Anfrage einfach die entsprechende Option an.

Inhouse-/Firmenschulung

Inhalte werden auf Wunsch an die Anforderungen Ihres Teams angepasst.

Individualschulung

Fokus aufs Fachliche und maximaler Raum für individuelle Fragen.

So haben GFU-Kunden gestimmt

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FAQ für Inhouse Schulungen

Bei einer offenen Schulung stehen Ort und Termin vorab fest. Jeder Interessent kann eine offene Schulung buchen, daher treffen Teilnehmer aus verschiedenen Unternehmen aufeinander.

Inhouse Schulungen können auf Ihren individuellen Schulungsbedarf zugeschnitten werden. Sie bestimmen den Teilnehmerkreis, Termin und Schulungsort.

Bei einer Inhouse Schulung gehen wir auf die individuellen Bedürfnisse Ihres Unternehmens ein und decken den Schulungsbedarf direkt bei Ihnen im Unternehmen ab.

Das spart Zeit und Geld und sorgt für einen schnellen Wissenstransfer Ihrer Mitarbeiter.

Eine komplette Lernumgebung in der Cloud mit Remote Zugriff ist für uns selbstverständlich. Sie müssen sich um nichts kümmern. Lediglich ein funktionierender PC oder Notebook mit Internetanschluss sollte für jeden Teilnehmer am Schulungstag bereit stehen.

  • Kompetente Seminarberatung
  • Dozenten aus der Praxis
  • Auf Ihre Bedürfnisse zugeschnittener individueller Lernstoff
  • Sie können den Termin flexibel gestalten, so wie es für Sie am besten passt
  • Unsere Inhouse Schulungen können Europaweit durchgeführt werden
  • Der Fokus liegt auf Ihrem Schulungsbedarf, somit schonen Sie Ihr Budget
  • Wissenslücken Ihrer Mitarbeitet werden schnell geschlossen
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